碱的作用是什么？
在蛋白质化学中，“碱”这一术语指代的是具有解离质子能力并能与带电荷的基团如胺、胍、酰胺等相互作用的物质。这类物质通常带正电或者负电。当它与带电荷的氨基酸残基相互作用时，可以改变这些残基的电荷状态（去静电化），进而会影响其与另一个氨基酸残基之间的静电作用，最终影响蛋白质的稳定和构象。 对某些特定蛋白质来说，其某些序列段或特殊结构部位的带电状况对其生物学性质有重要影响。对这些区域进行碱性处理，就可以通过增加水解的可能性来达到破坏蛋白结构的目的是很常见的实验手段之一。 这种对特定蛋白质进行选择性碱处理的方式能很好地保持其它结构部位的原样，因此可以作为鉴定不同结构区域对蛋白质功能重要性及所起作用的研究工具。而一旦某一结构区域的生物作用被证明后，就可以进一步尝试通过引入突变来替换该区域，从而获得表达该变体的转基因蛋白质。这样从理论上说，无论该变异是增益还是损失，都能得到可验证的结果。
近年来，由于蛋白质组学的发展为人们提供了大量新的信息，所以又出现了根据蛋白质组学数据来寻找靶标的功能区域的新方法。通过对整体蛋白群体进行分析，找到那些富含阳离子或阴离子氨基酸的区域，继而可以在分子水平上解释这些区域为何会具有特定功能的机理。
总之，无论是传统的方法还是最新的技术，碱性条件对研究蛋白质结构和功能的关系都起着重要的作用。